近年、増加している医薬品の効果や副作用を投薬前に予測するための検査（Companion diagnostics:CDx）、薬剤に対する患者個人の反応性を治療前に検査する個別化医療(オーダーメイド医療)に対応できるよう免疫組織化学染色(IHC)や分子組織化学染色（DISH）などの技術の自動染色装置を導入し、より的確な診断の為に活用しています。さらに、画像解析装置を導入し、より正確な診断、客観的な判定、診断に役立てています。

　胃カメラや大腸ファイバー等で取ってきた組織片から標本を作って顕微鏡で観察し良性か悪性か診断します。このほかいろんな場所の組織からの標本を作り診断します。また手術で取り出した臓器（組織）は細かく標本を作り、良性の腫瘍か悪性か、癌ならば浸潤しているか、広がりはどのくらいか、転移はあるか等を肉眼や顕微鏡標本を観察し診断します。その結果により抗癌剤などの摘要が決定されます。

　癌の手術中に必要が生じた場合に、切除した臓器の断端の部分やリンパ節に癌があるか調べる検査です。組織を凍らせて特別な機械で薄く切り、染色し、顕微鏡で観察・診断、報告します。

　この間15～20分、この結果により手術の切除範囲やリンパ節の郭清の程度が決まります。迅速性と正確が要求される重要な検査です。

　尿や喀痰、子宮頸部の擦過細胞等の材料から顕微鏡標本を作り、癌細胞を探して膀胱癌や肺癌、子宮癌等の診断をします。この検査は患者さんに苦痛を与えずに材料がとれる利点があります。

　また最近では乳腺や甲状腺等の腫瘤に直接細い針を刺して細胞を取り検査をする方法も行われます。これは多少痛みを伴いますが腫瘤から直接細胞を取るため診断の精度が高くなります。